12月22日,記者從海南大學(xué)獲悉,該校陳飛教授與中國(guó)科學(xué)院羅鳴研究員領(lǐng)銜的研究團(tuán)隊(duì),成功搭建面向觀賞開(kāi)花植物的綜合多組學(xué)數(shù)據(jù)——花卉大數(shù)據(jù)平臺(tái)。該平臺(tái)為花卉研究人員提供便捷友好的一站式服務(wù),可顯著提升相關(guān)研究的效率與廣度。
花在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、食品加工、藥物提取等領(lǐng)域發(fā)揮著不可或缺的作用。因此,系統(tǒng)性解析花器官的發(fā)育調(diào)控機(jī)制,既是植物學(xué)研究的基礎(chǔ)前沿方向,也對(duì)農(nóng)業(yè)、食品及醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展具有重大應(yīng)用價(jià)值。然而在傳統(tǒng)研究模式下,育種家與科研人員探究開(kāi)花調(diào)控基因時(shí),往往需要耗費(fèi)大量精力預(yù)處理參考基因組、基因注釋文件及多個(gè)獨(dú)立轉(zhuǎn)錄組原始測(cè)序數(shù)據(jù)集,繁瑣的前期工作嚴(yán)重限制了研究推進(jìn)的效率與覆蓋的廣度。
針對(duì)這一行業(yè)痛點(diǎn),研究團(tuán)隊(duì)打造的花卉大數(shù)據(jù)平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了多維度數(shù)據(jù)的整合與標(biāo)準(zhǔn)化處理。平臺(tái)匯聚58個(gè)觀賞植物物種的62個(gè)高質(zhì)量基因組,囊括百合、蘭科、芍藥、梅、月季、三角梅、菊花等具有全球重要性的花卉品類(lèi);收納超過(guò)258萬(wàn)個(gè)基因的注釋信息,以及8700多種已鑒定代謝物的相關(guān)數(shù)據(jù),為多組學(xué)研究與分子育種工作筑牢數(shù)據(jù)根基。值得一提的是,平臺(tái)內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)均完成從原始序列質(zhì)控、比對(duì)到表達(dá)定量的全套標(biāo)準(zhǔn)化流程,形成可直接用于比較分析的高質(zhì)量數(shù)據(jù)集。
該平臺(tái)還具備強(qiáng)大的便捷化分析功能。研究人員無(wú)需編寫(xiě)代碼,即可直觀探索基因功能;若需進(jìn)一步挖掘基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),只需一鍵啟動(dòng)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,系統(tǒng)便能自動(dòng)生成信息豐富的環(huán)形圖譜,清晰呈現(xiàn)所有正、負(fù)相關(guān)基因,助力研究者快速鎖定潛在功能模塊。
研究團(tuán)隊(duì)表示,這一成果打破了專業(yè)生信背景的門(mén)檻限制,讓不具備相關(guān)技術(shù)基礎(chǔ)的用戶,也能獨(dú)立、便捷地利用多組學(xué)數(shù)據(jù)開(kāi)展深度數(shù)據(jù)挖掘與創(chuàng)新性研究。
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